Sekretariat Baitul Mal mempunyai tugas dan fungsi membantu Walikota dalam meyiapkan bahan pembinaan, petunjuk teknis dan koordinasi dibidang pengelolaan zakat, harta wakaf, harta agama dan perwalian dalam rangka meningkatkan pelaksanaan syariat islam dan pemberdayaan ekonomi umat, kegiatan dokumentasi dan informasi, umum dan kepegawaian serta penyelenggaraan administrasi keuangan